二維碼可以分為堆疊式/行排式二維碼和矩陣式/棋盤式二維碼，堆疊式/行排式二維碼建立在一維碼基礎上，形態上根據需要由兩行或多行一維碼堆積組成，矩陣式二維碼/棋盤式二維碼以矩陣的形式組成，在矩陣空間相應位置上用黑白像素點表示二進制“1”和“0”，由像素點的排列組成代碼，常用的幾種編碼方式如下。

　　1、行排式二維碼

　　行排式二維碼又稱為堆積式二維碼或層排式二維碼，其編碼原理是建立在一維碼基礎之上，按需要堆積成兩行或多行。它在編碼設計、校驗原理、識讀方式等方面繼承了一維碼的一些特點，識讀設備和條碼印刷與一維碼技術兼容。但由于行數的增加，需要對行進行判定，其譯碼算法和軟件也不完全相同于一維碼。有代表性的行排式二維碼有：CODE49、CODE16K、PDF417等。其中的CODE49是1987年由David Alair博士研制，Intermec公司推出的第一個二維碼。

　　CODE49是一種多層、連續型、可變長度的條碼符號，它可以表示全部的128個ASCII字符。每個CODE49條碼符號由2～8層組成，每層有18個條和17個空。層與層之間由一個層分隔條分開。每層包含一個層標識符，最后一層包含表示符號層數的信息。

　　CODE16K條碼是一種多層、連續型、可變長度的條碼符號，可以表示全ASCI字符集的128個字符及擴展 ASCII字符。它采用UPC及Code128字符。一個16層的CODE16K符號，可以表示77個ASCII字符或154個數字字符。CODE16K通過唯一的起始符終止符標識層號，通過字符自校驗及兩個模107的校驗字符進行錯誤校驗。

　　2、矩陣式二維碼

　　矩陣式二維碼（又稱為棋盤式二維碼）是在一個矩形空間通過黑、白像素在矩陣中的不同分布進行編碼的。在矩陣相應元素位置上，用點（方點、圓點或其他形狀）的出現表示二進制“1”，點的不出現表示二進制的“0”，點的排列組合確定了矩陣式二維碼所代表的意義。矩陣式二維碼是建立在計算機圖像處理技術、組合編碼原理等基礎上的一種新型圖形符號自動識讀處理碼制。具有代表性的矩陣式二維碼有：Code One、Maxi Code、QR Code、 Data Matrix等。在目前幾十種二維要碼中，常用的碼制有：PDF417 二維碼、Datamatrix 二維碼、Maxicode 二維碼、QR Code、CODE49、CODE16K、Code One等，除了這些常見的二維碼之外，還有Vericode條碼、CP條碼、Codablock F條碼、田字碼、Ultracode條碼，Aztec條碼。